DICOMParser

This code can read dose data, mask and image from DICOM files.

Installation

pip install -r requirements.txt

Usage:

python dicom_parser.py -i <intput_dir> -o <output_dir default=input_dir>

Output:

<output_dir>
	└─data
	    ├─dose
	    │	└─dose.pkl 	----- 3D Dose data
	    ├─image		----- Image directory
	    │	├─0.png 	
	    │	├─1.png
	    │	├─2.png
	    │	├─...
	    │	└─image.pkl 	----- 3D image
	    └─mask		----- Mask directory
	        ├─1			
		│ ├─0-1.png	
		│ ├─1-1.png
		│ ├─2-1.png
		│ ├─...
		│ └─1.pkl	----- 3D mask (label 1)
	        ├─2			
		│ ├─0-2.png	
		│ ├─1-2.png
		│ ├─2-2.png
		│ ├─...
		│ └─2.pkl	----- 3D mask (label 2)
		├─...
		...

Acknowledgments

This repository heavily borrows from「bastula/dicompyler」.