diff --git a/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/appraise-diagnostic-plots.svg b/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/appraise-diagnostic-plots.svg index 02f406410..f5a95ff12 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/appraise-diagnostic-plots.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/appraise-diagnostic-plots.svg @@ -18,3246 +18,543 @@ - + - - + + - + - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- - - - - -5 -10 -15 -Linear predictor -Deviance residuals -Family: gaussian -Residuals vs linear predictor +-2.5 +0.0 +2.5 + + + + + + +5 +10 +15 +Linear predictor +Deviance residuals +Family: gaussian +Residuals vs linear predictor - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + -0 -50 -100 -150 -200 - - - - - - - - - --8 --4 -0 -4 -Deviance residuals +0 +5 +10 +15 +20 + + + + + + + + + +-5.0 +-2.5 +0.0 +2.5 +Deviance residuals Frequency -Histogram of residuals +Histogram of residuals - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 -50 -100 -150 -200 +5 +10 +15 +20 - - - - - - - - --8 --4 -0 -4 -Deviance residuals + + + + + + + + +-5.0 +-2.5 +0.0 +2.5 +Deviance residuals Frequency Histogram of residuals - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --1.0 --0.5 +-1.0 +-0.5 0.0 -0.5 -1.0 - - +0.5 +1.0 + + - - - + + + + - --2 + + +-2 +-1 0 -2 +1 +2 Theoretical quantiles Deviance residuals (Deviation) Method: normal diff --git a/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/worm-plot-gam-simulate.svg b/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/worm-plot-gam-simulate.svg index 4890761b2..44cca3f16 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/worm-plot-gam-simulate.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/worm-plot-gam-simulate.svg @@ -27,1029 +27,133 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --1.0 --0.5 -0.0 -0.5 -1.0 - - - - - - - - --4 -0 -4 +-1.0 +-0.5 +0.0 +0.5 +1.0 + + + + + + + + + + +-5.0 +-2.5 +0.0 +2.5 +5.0 Theoretical quantiles Deviance residuals (Deviation) Method: simulate diff --git a/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/worm-plot-gam-uniform.svg b/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/worm-plot-gam-uniform.svg index 936cfdc13..08e070f3f 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/worm-plot-gam-uniform.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/diagnostic-plots/worm-plot-gam-uniform.svg @@ -27,1024 +27,126 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --1.5 --1.0 --0.5 -0.0 - - - - - +-0.5 +0.0 +0.5 + + + + + - --4 -0 -4 + + +-5.0 +-2.5 +0.0 +2.5 +5.0 Theoretical quantiles Deviance residuals (Deviation) Method: uniform diff --git a/tests/testthat/_snaps/draw-methods/draw-simple-partial-residuals-with-fixed-scales.svg b/tests/testthat/_snaps/draw-methods/draw-simple-partial-residuals-with-fixed-scales.svg index 7f09807de..81e14e801 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/draw-methods/draw-simple-partial-residuals-with-fixed-scales.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/draw-methods/draw-simple-partial-residuals-with-fixed-scales.svg @@ -18,14 +18,14 @@ - + - - + + - + @@ -40,353 +40,156 @@ - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --5 -0 -5 - - - - - - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 -x0 +-5 +0 +5 +10 + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x0 Partial effect -s(x0) +s(x0) Basis: TPRS @@ -400,353 +203,156 @@ - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --5 -0 -5 - - - - - - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 -x1 +-5 +0 +5 +10 + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x1 Partial effect -s(x1) +s(x1) Basis: TPRS @@ -760,353 +366,156 @@ - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --5 -0 -5 - - - - - - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 -x2 +-5 +0 +5 +10 + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x2 Partial effect -s(x2) +s(x2) Basis: TPRS @@ -1120,353 +529,156 @@ - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --5 -0 -5 - - - - - - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 -x3 +-5 +0 +5 +10 + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x3 Partial effect -s(x3) +s(x3) Basis: TPRS draw simple partial residuals with fixed scales diff --git a/tests/testthat/_snaps/draw-methods/draw-simple-partial-residuals.svg b/tests/testthat/_snaps/draw-methods/draw-simple-partial-residuals.svg index 8a171f078..11f495738 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/draw-methods/draw-simple-partial-residuals.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/draw-methods/draw-simple-partial-residuals.svg @@ -21,1464 +21,661 @@ - - + + - + - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --3 -0 -3 -6 - - - - - - - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 -x0 +-5.0 +-2.5 +0.0 +2.5 + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x0 Partial effect -s(x0) -Basis: TPRS +s(x0) +Basis: TPRS - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --4 -0 -4 -8 - - - - - - - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 -x1 -Partial effect -s(x1) +-3 +0 +3 +6 + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x1 +Partial effect +s(x1) Basis: TPRS - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --5 -0 -5 - - - - - - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 -x2 +-5 +0 +5 +10 + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x2 Partial effect -s(x2) -Basis: TPRS +s(x2) +Basis: TPRS - - + + - - + + - - + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + --5.0 --2.5 -0.0 -2.5 -5.0 - - - - - - - - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 -x3 -Partial effect -s(x3) +-2.5 +0.0 +2.5 + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x3 +Partial effect +s(x3) Basis: TPRS draw simple partial residuals diff --git a/tests/testthat/_snaps/draw-smooth-estimates/draw-smooth-est-works-with-change-indicators.svg b/tests/testthat/_snaps/draw-smooth-estimates/draw-smooth-est-works-with-change-indicators.svg index e69de29bb..788240abc 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/draw-smooth-estimates/draw-smooth-est-works-with-change-indicators.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/draw-smooth-estimates/draw-smooth-est-works-with-change-indicators.svg @@ -0,0 +1,281 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-1 +0 +1 + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x0 +Partial effect +s(x0) +Basis: TPRS + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-2.5 +0.0 +2.5 + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x1 +Partial effect +s(x1) +Basis: TPRS + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-3 +0 +3 +6 + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x2 +Partial effect +s(x2) +Basis: TPRS + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-0.2 +0.0 +0.2 + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x3 +Partial effect +s(x3) +Basis: TPRS +draw smooth est works with change indicators + + diff --git a/tests/testthat/_snaps/draw-smooth-estimates/draw-smooth-est-works-with-sizer-indicators.svg b/tests/testthat/_snaps/draw-smooth-estimates/draw-smooth-est-works-with-sizer-indicators.svg index e69de29bb..b05cc7e25 100644 --- a/tests/testthat/_snaps/draw-smooth-estimates/draw-smooth-est-works-with-sizer-indicators.svg +++ b/tests/testthat/_snaps/draw-smooth-estimates/draw-smooth-est-works-with-sizer-indicators.svg @@ -0,0 +1,281 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-1 +0 +1 + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x0 +Partial effect +s(x0) +Basis: TPRS + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-2.5 +0.0 +2.5 + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x1 +Partial effect +s(x1) +Basis: TPRS + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-3 +0 +3 +6 + + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x2 +Partial effect +s(x2) +Basis: TPRS + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +-0.2 +0.0 +0.2 + + + + + + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 +x3 +Partial effect +s(x3) +Basis: TPRS +draw smooth est works with sizer indicators + + diff --git a/tests/testthat/setup.R b/tests/testthat/setup.R index b0660c8d2..38e656e1c 100644 --- a/tests/testthat/setup.R +++ b/tests/testthat/setup.R @@ -17,6 +17,7 @@ library("ggplot2") n_quick <- 300 quick_eg1 <- data_sim("eg1", n = n_quick, seed = 21) quick_eg1_off <- quick_eg1 |> mutate(off = 2) +tiny_eg1 <- data_sim("eg1", n = 100, seed = 21) su_eg1 <- data_sim("eg1", n = 1000, dist = "normal", scale = 2, seed = 1) su_eg2 <- data_sim("eg2", n = 2000, dist = "normal", scale = 0.5, seed = 42) su_eg3 <- data_sim("eg3", n = 400, seed = 32) @@ -27,6 +28,11 @@ su_m_quick_eg1 <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + s(x3), method = "REML" ) +m_tiny_eg1 <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + s(x3), + data = tiny_eg1, + method = "REML" +) + su_m_quick_eg1_shrink <- gam( y ~ s(x0, bs = "ts") + s(x1, bs = "cs") + s(x2, bs = "ts") + s(x3, bs = "ts"), diff --git a/tests/testthat/test-diagnostic-plots.R b/tests/testthat/test-diagnostic-plots.R index 03fa88d05..34b40ea18 100644 --- a/tests/testthat/test-diagnostic-plots.R +++ b/tests/testthat/test-diagnostic-plots.R @@ -1,7 +1,7 @@ ## Test qq_plot() methods test_that("appraise() works", { - plt <- appraise(m_gam) + plt <- appraise(m_tiny_eg1) skip_on_ci() expect_doppelganger("appraise diagnostic plots", plt) @@ -12,9 +12,6 @@ test_that("appraise() method direct yields a message", { plt <- appraise(m_gam, method = "direct"), "`method = \"direct\"` is deprecated, use `\"uniform\"`" ) - - skip_on_ci() - expect_doppelganger("appraise diagnostic plots", plt) }) test_that("appraise() fails if n_bins not numeric or one of character options", { @@ -44,13 +41,13 @@ test_that("residuals_hist_plot fails if non-numeric n_bins doesn't match charact }) test_that("worm_plot works for a GAM", { - expect_silent(plt1 <- withr::with_seed(1, worm_plot(m_gam))) + expect_silent(plt1 <- withr::with_seed(1, worm_plot(m_tiny_eg1))) - expect_silent(plt2 <- withr::with_seed(1, worm_plot(m_gam, + expect_silent(plt2 <- withr::with_seed(1, worm_plot(m_tiny_eg1, method = "simulate" ))) - expect_silent(plt3 <- withr::with_seed(1, worm_plot(m_gam, + expect_silent(plt3 <- withr::with_seed(1, worm_plot(m_tiny_eg1, method = "normal" ))) @@ -136,7 +133,7 @@ test_that("appraise works for a LM", { }) test_that("appraise can use the worm plot", { - expect_silent(plt <- withr::with_seed(1, appraise(m_gam, + expect_silent(plt <- withr::with_seed(1, appraise(m_tiny_eg1, use_worm = TRUE, method = "simulate" ))) diff --git a/tests/testthat/test-draw-methods.R b/tests/testthat/test-draw-methods.R index adac57714..00ceb5ce6 100644 --- a/tests/testthat/test-draw-methods.R +++ b/tests/testthat/test-draw-methods.R @@ -114,8 +114,8 @@ test_that("draw.gam() plots a simple multi-smooth AM", { }) test_that("draw.gam() can draw partial residuals", { - plt1 <- draw(su_m_quick_eg1, residuals = TRUE, rug = FALSE) - plt2 <- draw(su_m_quick_eg1, residuals = TRUE, scales = "fixed", rug = FALSE) + plt1 <- draw(m_tiny_eg1, residuals = TRUE, rug = FALSE) + plt2 <- draw(m_tiny_eg1, residuals = TRUE, scales = "fixed", rug = FALSE) skip_on_ci() expect_doppelganger("draw simple partial residuals", plt1) diff --git a/tests/testthat/test-draw-smooth-estimates.R b/tests/testthat/test-draw-smooth-estimates.R index 7ed6f77fe..396ca81ce 100644 --- a/tests/testthat/test-draw-smooth-estimates.R +++ b/tests/testthat/test-draw-smooth-estimates.R @@ -341,11 +341,15 @@ test_that("grouped_by works", { test_that("draw smooth estimates works with sizer", { expect_silent(d <- derivatives(m_gam, n = 100)) expect_silent(plt1 <- smooth_estimates(m_gam) |> - add_sizer(derivatives = d, type = "change")) + add_sizer(derivatives = d, type = "change") |> + draw() + ) expect_silent(plt2 <- smooth_estimates(m_gam) |> - add_sizer(derivatives = d, type = "sizer")) + add_sizer(derivatives = d, type = "sizer") |> + draw() + ) skip_on_cran() expect_doppelganger("draw smooth est works with change indicators", plt1) expect_doppelganger("draw smooth est works with sizer indicators", plt2) -}) \ No newline at end of file +})