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##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
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##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum DP observed within the GVCF block">
##FORMAT=<ID=PGT,Number=1,Type=String,Description="Physical phasing haplotype information, describing how the alternate alleles are phased in relation to one another">
##FORMAT=<ID=PID,Number=1,Type=String,Description="Physical phasing ID information, where each unique ID within a given sample (but not across samples) connects records within a phasing group">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
##FORMAT=<ID=RGQ,Number=1,Type=Integer,Description="Unconditional reference genotype confidence, encoded as a phred quality -10*log10 p(genotype call is wrong)">
##FORMAT=<ID=SB,Number=4,Type=Integer,Description="Per-sample component statistics which comprise the Fisher's Exact Test to detect strand bias.">
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##GATKCommandLine=<ID=HaplotypeCaller,CommandLine="HaplotypeCaller --emit-ref-confidence GVCF --output ../output/gatk.g.vcf --input ../output/align.sorted.duplicates.recal.bam --reference hg38.chr20.fa --gvcf-gq-bands 1 --gvcf-gq-bands 2 --gvcf-gq-bands 3 --gvcf-gq-bands 4 --gvcf-gq-bands 5 --gvcf-gq-bands 6 --gvcf-gq-bands 7 --gvcf-gq-bands 8 --gvcf-gq-bands 9 --gvcf-gq-bands 10 --gvcf-gq-bands 11 --gvcf-gq-bands 12 --gvcf-gq-bands 13 --gvcf-gq-bands 14 --gvcf-gq-bands 15 --gvcf-gq-bands 16 --gvcf-gq-bands 17 --gvcf-gq-bands 18 --gvcf-gq-bands 19 --gvcf-gq-bands 20 --gvcf-gq-bands 21 --gvcf-gq-bands 22 --gvcf-gq-bands 23 --gvcf-gq-bands 24 --gvcf-gq-bands 25 --gvcf-gq-bands 26 --gvcf-gq-bands 27 --gvcf-gq-bands 28 --gvcf-gq-bands 29 --gvcf-gq-bands 30 --gvcf-gq-bands 31 --gvcf-gq-bands 32 --gvcf-gq-bands 33 --gvcf-gq-bands 34 --gvcf-gq-bands 35 --gvcf-gq-bands 36 --gvcf-gq-bands 37 --gvcf-gq-bands 38 --gvcf-gq-bands 39 --gvcf-gq-bands 40 --gvcf-gq-bands 41 --gvcf-gq-bands 42 --gvcf-gq-bands 43 --gvcf-gq-bands 44 --gvcf-gq-bands 45 --gvcf-gq-bands 46 --gvcf-gq-bands 47 --gvcf-gq-bands 48 --gvcf-gq-bands 49 --gvcf-gq-bands 50 --gvcf-gq-bands 51 --gvcf-gq-bands 52 --gvcf-gq-bands 53 --gvcf-gq-bands 54 --gvcf-gq-bands 55 --gvcf-gq-bands 56 --gvcf-gq-bands 57 --gvcf-gq-bands 58 --gvcf-gq-bands 59 --gvcf-gq-bands 60 --gvcf-gq-bands 70 --gvcf-gq-bands 80 --gvcf-gq-bands 90 --gvcf-gq-bands 99 --indel-size-to-eliminate-in-ref-model 10 --use-alleles-trigger false --disable-optimizations false --just-determine-active-regions false --dont-genotype false --max-mnp-distance 0 --dont-trim-active-regions false --max-disc-ar-extension 25 --max-gga-ar-extension 300 --padding-around-indels 150 --padding-around-snps 20 --kmer-size 10 --kmer-size 25 --dont-increase-kmer-sizes-for-cycles false --allow-non-unique-kmers-in-ref false --num-pruning-samples 1 --recover-dangling-heads false --do-not-recover-dangling-branches false --min-dangling-branch-length 4 --consensus false --max-num-haplotypes-in-population 128 --error-correct-kmers false --min-pruning 2 --debug-graph-transformations false --kmer-length-for-read-error-correction 25 --min-observations-for-kmer-to-be-solid 20 --likelihood-calculation-engine PairHMM --base-quality-score-threshold 18 --pair-hmm-gap-continuation-penalty 10 --pair-hmm-implementation FASTEST_AVAILABLE --pcr-indel-model CONSERVATIVE --phred-scaled-global-read-mismapping-rate 45 --native-pair-hmm-threads 4 --native-pair-hmm-use-double-precision false --debug false --use-filtered-reads-for-annotations false --bam-writer-type CALLED_HAPLOTYPES --dont-use-soft-clipped-bases false --capture-assembly-failure-bam false --error-correct-reads false --do-not-run-physical-phasing false --min-base-quality-score 10 --smith-waterman JAVA --use-new-qual-calculator false --annotate-with-num-discovered-alleles false --heterozygosity 0.001 --indel-heterozygosity 1.25E-4 --heterozygosity-stdev 0.01 --standard-min-confidence-threshold-for-calling 10.0 --max-alternate-alleles 6 --max-genotype-count 1024 --sample-ploidy 2 --num-reference-samples-if-no-call 0 --genotyping-mode DISCOVERY --genotype-filtered-alleles false --contamination-fraction-to-filter 0.0 --output-mode EMIT_VARIANTS_ONLY --all-site-pls false --min-assembly-region-size 50 --max-assembly-region-size 300 --assembly-region-padding 100 --max-reads-per-alignment-start 50 --active-probability-threshold 0.002 --max-prob-propagation-distance 50 --interval-set-rule UNION --interval-padding 0 --interval-exclusion-padding 0 --interval-merging-rule ALL --read-validation-stringency SILENT --seconds-between-progress-updates 10.0 --disable-sequence-dictionary-validation false --create-output-bam-index true --create-output-bam-md5 false --create-output-variant-index true --create-output-variant-md5 false --lenient false --add-output-sam-program-record true --add-output-vcf-command-line true --cloud-prefetch-buffer 40 --cloud-index-prefetch-buffer -1 --disable-bam-index-caching false --sites-only-vcf-output false --help false --version false --showHidden false --verbosity INFO --QUIET false --use-jdk-deflater false --use-jdk-inflater false --gcs-max-retries 20 --disable-tool-default-read-filters false --minimum-mapping-quality 20 --disable-tool-default-annotations false --enable-all-annotations false",Version=4.0.6.0,Date="July 27, 2018 2:38:01 AM UTC">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=ClippingRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref number of hard clipped bases">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth; some reads may have been filtered">
##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Stop position of the interval">
##INFO=<ID=ExcessHet,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value for exact test of excess heterozygosity">
##INFO=<ID=FS,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value using Fisher's exact test to detect strand bias">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
##INFO=<ID=RAW_MQ,Number=1,Type=Float,Description="Raw data for RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
##INFO=<ID=SOR,Number=1,Type=Float,Description="Symmetric Odds Ratio of 2x2 contingency table to detect strand bias">
##contig=<ID=chr20,length=64444167>
##source=GenotypeGVCFs
##source=HaplotypeCaller
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG00403
chr20 5004338 . T A 10.20 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.126;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:38:38,0,83
chr20 5023709 . A G 84.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.01;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:112,12,0
chr20 5039591 . G A 49.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:77,9,0
chr20 5040791 . T C 76.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:104,9,0
chr20 5040825 . G GA 44.70 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:81,6,0
chr20 5043029 . C T 109.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:137,12,0
chr20 5043388 . C T 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5043738 . C T 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5045190 . G A 53.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:81,9,0
chr20 5048832 . G A 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5052117 . A G 98.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:126,12,0
chr20 5052800 . G T 39.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:67,6,0
chr20 5057128 . G A 44.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:72,6,0
chr20 5057349 . C T 29.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:37:58,0,37
chr20 5058835 . T C 36.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:64,6,0
chr20 5059146 . T C 32.89 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.15;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:2:59,2,0
chr20 5059911 . C CTGTGATTA 43.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.740e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=21.87;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:2:81:81,0,102
chr20 5061031 . T C 113.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:5061031_T_C:142,18,0
chr20 5063815 . A AAATTTTTAT 53.70 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:90,6,0
chr20 5067504 . T C 33.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.45;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:23:62,0,23
chr20 5067604 . C T 39.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:67,6,0
chr20 5074492 . A G 20.82 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24:49,0,24
chr20 5074821 . A T 31.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.59;ReadPosRankSum=-9.670e-01;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:1:57,0,1
chr20 5080371 . T C 94.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=23.70;ReadPosRankSum=1.15;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,3:4:25:0|1:5080371_T_C:123,0,25
chr20 5080372 . C T 94.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=23.70;ReadPosRankSum=1.15;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,3:4:25:0|1:5080371_T_C:123,0,25
chr20 5082077 . T C 30.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:58,6,0
chr20 5085789 . G T 41.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=13.76;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:69,9,0
chr20 5087284 . T C 32.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28:61,0,28
chr20 5092075 . G T 30.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:59,0,26
chr20 5099232 . AAATCAATCAATC A 53.70 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:90,6,0
chr20 5099733 . T TA 57.75 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.15;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:23:95,0,23
chr20 5101291 . T C 39.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:67,6,0
chr20 5102527 . C CA 40.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.65;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:47:78,0,47
chr20 5103551 . T C 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5133938 . G A 75.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:103,9,0
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chr20 5279285 . T C 68.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:96,9,0
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chr20 5280383 . G A 48.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=16.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:76,9,0
chr20 5280486 . G A 103.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:131,12,0
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chr20 5299687 . T C 73.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.26;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:101,12,0
chr20 5300098 . T A 76.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:104,9,0
chr20 5300193 . T TATA 98.25 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:135,9,0
chr20 5300261 . G A 40.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:68,6,0
chr20 5300607 . G A 69.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:97,9,0
chr20 5301118 . A G 73.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:101,9,0
chr20 5302610 . C G 18.47 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=6.16;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:8:46,8,0
chr20 5303635 . T C 28.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.59;ReadPosRankSum=-9.670e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28:57,0,28
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chr20 5304035 . A G 21.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27:50,0,27
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chr20 5308998 . G A 27.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.94;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:39:56,0,39
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chr20 5309439 . C T 91.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.240e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.35;ReadPosRankSum=-8.420e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,3:5:75:0|1:5309429_T_C:120,0,75
chr20 5309444 . C T 91.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.240e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.35;ReadPosRankSum=-1.036e+00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,3:5:75:0|1:5309429_T_C:120,0,75
chr20 5309465 . C T 46.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.04;SOR=2.245 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,2:5:75:0|1:5309465_C_T:75,0,119
chr20 5309466 . G A 46.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.04;SOR=2.245 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,2:5:75:0|1:5309465_C_T:75,0,119
chr20 5309514 . T C 25.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.44;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:51:54,0,51
chr20 5309781 . T C 44.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.240e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.95;ReadPosRankSum=-1.036e+00;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,3:5:73:0|1:5309775_A_G:73,0,75
chr20 5309789 . T TAA 72.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.55;ReadPosRankSum=-5.240e-01;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:69:110,0,69
chr20 5309805 . A C 60.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54:89,0,54
chr20 5309839 . T C 49.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.04;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:59:78,0,59
chr20 5309856 . T C 151.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:180,18,0
chr20 5310012 . T C 38.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0
chr20 5310180 . C T 63.81 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.95;ReadPosRankSum=-1.150e+00;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:20:92,0,20
chr20 5310412 . C T 62.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:5310412_C_T:90,6,0
chr20 5310416 . A G 62.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:5310412_C_T:90,6,0
chr20 5310497 . A C 11.12 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.740e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.56;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,1:2:39:0|1:5310497_A_C:39,0,39
chr20 5310499 . T C 11.12 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.740e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.56;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,1:2:39:0|1:5310497_A_C:39,0,39
chr20 5311892 . A G 68.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:96,9,0
chr20 5312965 . C T 84.84 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=16.97;ReadPosRankSum=-5.240e-01;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:18:113,0,18
chr20 5313146 . ATG A 70.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.68;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,3:4:33:0|1:5313146_ATG_A:108,0,33
chr20 5313173 . A C 54.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.95;ReadPosRankSum=-1.036e+00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,3:5:75:1|0:5313146_ATG_A:83,0,75
chr20 5313273 . A G 22.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:51:51,0,58
chr20 5313388 . T G 43.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.842;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:57:72,0,57
chr20 5317816 . C G 23.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.93;ReadPosRankSum=-9.670e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:52,0,26
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chr20 5346014 . T TA 63.87 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.28;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:15:101,0,15
chr20 5346422 . A C 95.81 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=19.16;ReadPosRankSum=1.28;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:20:124,0,20
chr20 5346676 . C G 35.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:51:64,0,51
chr20 5347048 . T G 92.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.01;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:120,12,0
chr20 5347080 . C G 43.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.850e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.960e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:72:72,0,79
chr20 5348153 . CA C 66.25 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.08;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:103,9,0
chr20 5350232 . T C 34.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.240e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:30:63,0,30
chr20 5351403 . T C 34.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:62,6,0
chr20 5353382 . T G 28.75 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=14.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:56,6,0
chr20 5353682 . A T 111.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:139,12,0
chr20 5354543 . C T 66.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=13.35;ReadPosRankSum=-2.530e-01;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:51:95,0,51
chr20 5356543 . A T 112.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.58;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:141,15,0
chr20 5357325 . C G 40.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=13.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:68,9,0
chr20 5357990 . T C 31.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28:60,0,28
chr20 5358856 . T G 18.83 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.28;ReadPosRankSum=-9.670e-01;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28:47,0,28
chr20 5358890 . CAT C 40.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.38;SOR=2.209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:78:78,0,83
chr20 5359756 . A G 18.82 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.240e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:47:47,0,62
chr20 5359801 . C T 53.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.19;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.07;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:56:82,0,56
chr20 5360363 . C T 27.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:48:56,0,48
chr20 5362777 . G A 129.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.31;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.850 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:45:158,0,45
chr20 5363194 . G T 43.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:4,2:6:72:0|1:5363194_G_T:72,0,231
chr20 5363206 . G A 43.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.28;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:4,2:6:72:0|1:5363194_G_T:72,0,231
chr20 5363466 . C T 32.31 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:1:58,0,1
chr20 5364418 . G T 30.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24:59,0,24
chr20 5365172 . T C 76.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:104,9,0
chr20 5368144 . T C 21.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=10.88;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0
chr20 5368467 . C T 27.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:56:56,0,88
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chr20 5374936 . C G 58.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.96;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.28;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:55:87,0,55
chr20 5377322 . A G 26.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:51:55,0,51
chr20 5378811 . G A 31.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:50:60,0,50
chr20 5384258 . GA G 11.08 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:44:48,0,44
chr20 5386664 . A T 120.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.00;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.98;ReadPosRankSum=1.78;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:149,0,131
chr20 5390853 . G A 98.81 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=19.76;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:20:127,0,20
chr20 5391823 . A AAAC 153.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=19.22;ReadPosRankSum=1.35;SOR=1.901 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:191,0,118
chr20 5392631 . A G 55.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.65;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:44:84,0,44
chr20 5395198 . G A 59.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49:88,0,49
chr20 5396865 . T C 75.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:103,9,0
chr20 5398019 . C G 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5398840 . G C 29.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.95;ReadPosRankSum=-2.530e-01;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54:58,0,54
chr20 5398902 . A G 29.75 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=14.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:57,6,0
chr20 5399345 . G A 103.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:131,12,0
chr20 5399681 . G A 67.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:95,9,0
chr20 5401871 . C T 206.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=34.47;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:5401871_C_T:235,18,0
chr20 5401879 . T C 45.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.63;ReadPosRankSum=-1.282e+00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,4:6:52:0|1:5401871_C_T:74,0,52
chr20 5402804 . C G 34.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:62,6,0
chr20 5402899 . T C 40.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:68,6,0
chr20 5404074 . T C 36.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:64,6,0
chr20 5405514 . G A 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5406336 . T G 41.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=13.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:69,9,0
chr20 5406788 . T C 38.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0
chr20 5407143 . T C 55.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:83,9,0
chr20 5407229 . C T 109.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:137,12,0
chr20 5407753 . C T 47.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:62:0|1:5407753_C_T:76,0,62
chr20 5407754 . T G 47.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:62:0|1:5407753_C_T:76,0,62
chr20 5408325 . G A 69.90 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:15:98,0,15
chr20 5408813 . A G 76.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:104,9,0
chr20 5411009 . T C 109.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:137,12,0
chr20 5411089 . A G 70.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:98,9,0
chr20 5413807 . T C 51.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:79,9,0
chr20 5414088 . T C 40.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:68,6,0
chr20 5416682 . T C 38.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0
chr20 5418585 . T C 41.82 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.64;MQRankSum=0.967;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.431;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:19:0|1:5418585_T_C:70,0,19
chr20 5418588 . A AT 32.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;QD=32.79;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:0,1:1:19:0|1:5418585_T_C:70,0,19
chr20 5420030 . CT C 16.80 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=8.40;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:53,6,0
chr20 5421986 . A C 84.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=16.98;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:113,15,0
chr20 5422106 . C A 29.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.96;ReadPosRankSum=-8.420e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:58:58,0,81
chr20 5422468 . G A 142.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:171,15,0
chr20 5423117 . G A 33.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:54:62,0,54
chr20 5423388 . C T 56.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.20;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:23:85,0,23
chr20 5423880 . G C 65.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:93,9,0
chr20 5424709 . C T 80.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:108,9,0
chr20 5426716 . C A 59.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:21:88,0,21
chr20 5427947 . T A 231.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=29.56;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:5427947_T_A:260,18,0
chr20 5427957 . G A 231.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=30.62;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,6:6:18:1|1:5427947_T_A:260,18,0
chr20 5428545 . CA C 48.25 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=16.08;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:85,9,0
chr20 5428661 . C T 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
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chr20 5430877 . C T 92.94 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.59;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:14:121,14,0
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chr20 5492931 . A AGT 126 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=31.50;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:163,12,0
chr20 5493777 . C A 29.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:50:58,0,50
chr20 5494722 . G A 87.88 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.58;ReadPosRankSum=-2.530e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:16:116,0,16
chr20 5496063 . A G 32.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24:61,0,24
chr20 5499449 . C T 32.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:22:61,0,22
chr20 5501509 . T C 19.81 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.39;MQRankSum=-1.645e+00;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.126;SOR=2.204 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:48:48,0,86
chr20 5503895 . C T 37.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;QD=18.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:65,6,0
chr20 5507998 . C T 31.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:60,0,26
chr20 5513196 . T C 33.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=16.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:61,6,0
chr20 5517363 . G A 33.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.674;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:27:62,0,27
chr20 5521704 . CCCTT C 78.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=19.68;ReadPosRankSum=-1.150e+00;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:58:116,0,58
chr20 5525246 . C T 20.82 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:25:49,0,25
chr20 5525262 . T C 32.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24:61,0,24
chr20 5527033 . C T 35.31 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:1:61,0,1
chr20 5527368 . G A 29.86 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.95;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:17:58,0,17
chr20 5527808 . C T 43.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=0.842;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:36:72,0,36
chr20 5529309 . A T 31.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:25:60,0,25
chr20 5529539 . A C 46.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=15.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:74,9,0
chr20 5530364 . A G 13.97 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.967;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:22:42,0,22
chr20 5545467 . A G 23.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:52:52,0,89
chr20 5546530 . T A 94.88 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.98;ReadPosRankSum=1.28;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:16:123,0,16
chr20 5553161 . C G 128.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:157,15,0
chr20 5559585 . A AT 20.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=10.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:57,6,0
chr20 5560278 . T C 57.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.410e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=11.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.084;SOR=3.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:46:86,0,46
chr20 5565706 . A AAG 127 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:12:164,12,0
chr20 5568425 . T A 130.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,4:6:99:0|1:5568425_T_A:159,0,124
chr20 5568427 . T A 130.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=21.79;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,4:6:99:0|1:5568425_T_A:159,0,124
chr20 5571430 . A G 15.88 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:44:44,0,56
chr20 5571855 . A G 16.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=8.42;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:44,6,0
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chr20 5609411 . G A 59.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=11.96;ReadPosRankSum=-1.260e-01;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:26:88,0,26
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chr20 5644244 . C T 70.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:98,9,0
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chr20 5652306 . T C 23.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=3.96;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:52:52,0,116
chr20 5656095 . TA T 96.87 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:134,15,0
chr20 5657901 . A C 23.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:52:52,0,57
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chr20 5664844 . G A 39.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:67,6,0
chr20 5665227 . A T 39.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:67,6,0
chr20 5667856 . T C 197.80 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:226,21,0
chr20 5668243 . T C 164.80 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.54;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:193,21,0
chr20 5669256 . G A 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5669672 . T C 34.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:62,6,0
chr20 5672266 . A T 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5672674 . TTTTTA T 53.70 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:90,6,0
chr20 5673951 . G C 38.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0
chr20 5674427 . T C 12.02 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=6.01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:39,6,0
chr20 5675858 . A T 149.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:178,18,0
chr20 5684353 . A C 102.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:130,12,0
chr20 5685305 . T C 36.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:64,6,0
chr20 5686954 . C T 39.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:67,6,0
chr20 5696235 . G A 40.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:68,6,0
chr20 5698150 . T TTC 33.71 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=16.85;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5698298 . C T 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 5703816 . A G 41.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.006e+00;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:70:70,0,112
chr20 5703842 . AG A 62.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.96;ReadPosRankSum=-6.520e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:100,0,141
chr20 5708144 . C T 30.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.26;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:59,0,26
chr20 5710240 . C A 75.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:103,9,0
chr20 5711111 . C A 91.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=22.94;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,3:4:33:0|1:5711111_C_A:120,0,33
chr20 5711116 . T C 91.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,3:4:33:0|1:5711111_C_A:120,0,33
chr20 5711272 . C T 32.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:61,0,26
chr20 5712461 . G A 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:37:0|1:5712461_G_A:81,0,37
chr20 5712472 . A T 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:37:0|1:5712461_G_A:81,0,37
chr20 5712876 . T A 62.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.70;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:22:91,0,22
chr20 5713480 . T C 70.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:98,9,0
chr20 5713649 . G A 32.81 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.967;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20:61,0,20
chr20 5713684 . G A 41.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:69,6,0
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chr20 5716834 . C T 44.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=14.76;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:72,9,0
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chr20 5800263 . T C 37.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:65,6,0
chr20 5800460 . A G 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
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chr20 5800695 . A G 18.59 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.59;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:5800655_C_T:45,3,0
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chr20 5838899 . T C 82.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:110,12,0
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chr20 5839291 . A C 78.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:106,12,0
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chr20 5839909 . G A 32.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24:61,0,24
chr20 5840914 . C CT 21.73 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=10.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:58,6,0
chr20 5841170 . AGT A 27.71 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=13.86;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:64,6,0
chr20 5843361 . C T 27.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.83;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:56:56,0,91
chr20 5847587 . A C 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:49:0|1:5847587_A_C:81,0,49
chr20 5847592 . C A 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:49:0|1:5847587_A_C:81,0,49
chr20 5847729 . A G 16.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=8.42;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:44,6,0
chr20 5847968 . G C 83.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.76;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:111,12,0
chr20 5848000 . G A 46.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:74,6,0
chr20 5849140 . T C 164.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:193,18,0
chr20 5859059 . C T 24.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.96;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=2.245 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:53:53,0,81
chr20 5860313 . T C 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.55;ReadPosRankSum=-5.240e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:32:81,0,32
chr20 5860978 . C T 18.80 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=9.40;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:46,6,0
chr20 5861448 . G T 66.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.04;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:50:95,0,50
chr20 5861484 . A T 24.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27:53,0,27
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chr20 5880463 . G T 68.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.20;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:22:97,0,22
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chr20 5888287 . A G 55.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=13.95;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:21:84,0,21
chr20 5888873 . C G 64.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:92,9,0
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chr20 5892767 . T G 31.10 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=7.78;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:11:59,11,0
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chr20 5897493 . C T 23.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.28;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.76;ReadPosRankSum=-2.530e-01;SOR=0.061 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:52:52,0,72
chr20 5898136 . C A 11.13 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.740e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,1:2:25:0|1:5898136_C_A:39,0,25
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chr20 5898834 . C T 46.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:74,6,0
chr20 5899146 . CAA C 124 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=31.00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:161,12,0
chr20 5899348 . CG C 78.25 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:115,9,0
chr20 5900797 . T C 49.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:77,9,0
chr20 5901705 . A G 35.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:63,6,0
chr20 5901916 . G A 138.81 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:20:167,20,0
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chr20 5902766 . C T 50.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:5902766_C_T:78,6,0
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chr20 5905043 . C T 43.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:71,6,0
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chr20 5907225 . G C 53.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,2:2:6:1|1:5907225_G_C:81,6,0
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chr20 5907612 . T C 98.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.78;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:127,15,0
chr20 5908056 . T C 21.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=10.88;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0
chr20 5908175 . A C 120.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:149,15,0
chr20 5908384 . T C 70.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:98,9,0
chr20 5908452 . CA C 20.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=10.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:57,6,0
chr20 5908546 . T C 31.29 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=10.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:59,9,0
chr20 5908720 . T C 21.77 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;QD=10.88;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:49,6,0
chr20 5908761 . C T 107.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;QD=30.67;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:5908761_C_T:135,9,0
chr20 5908766 . A G 107.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.61;QD=26.61;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,3:3:9:1|1:5908761_C_T:135,9,0
chr20 5909425 . T C 76.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:104,9,0
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chr20 5941712 . G A 70.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:98,9,0
chr20 5942184 . C T 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
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chr20 5942558 . T C 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:63:0|1:5942557_T_C:81,0,63
chr20 5944135 . G C 158.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:187,18,0
chr20 5944573 . C G 73.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:101,9,0
chr20 5945710 . C T 75.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:103,9,0
chr20 5946572 . C G 61.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.35;ReadPosRankSum=-2.530e-01;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:30:90,0,30
chr20 5946634 . T G 72.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:100,9,0
chr20 5946998 . G C 28.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.19;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=2.209 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:50:57,0,50
chr20 5947599 . T C 46.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:55:75,0,55
chr20 5948026 . T C 25.42 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=8.47;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:8:53,8,0
chr20 5948278 . C A 44.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.44;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.385;SOR=2.800 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:33:73,0,33
chr20 5949746 . T C 66.84 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18:95,0,18
chr20 5951458 . C CT 34.71 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.35;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:71,6,0
chr20 5951544 . A G 69.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:97,9,0
chr20 5952808 . A T 77.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.00;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:106,0,105
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chr20 6021509 . T C 72.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:100,9,0
chr20 6023247 . C G 65.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:93,9,0
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chr20 6034308 . G A 60.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:88,9,0
chr20 6035541 . A AT 19.75 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=9.88;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:56,6,0
chr20 6038065 . G A 76.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:104,9,0
chr20 6038835 . A G 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 6039743 . TA T 15.82 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=7.91;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:52,6,0
chr20 6045914 . A G 34.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:62,6,0
chr20 6054582 . C T 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 6065649 . T C 34.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:62,6,0
chr20 6066506 . T C 36.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:64,6,0
chr20 6067341 . T G 23.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:52,0,26
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chr20 6069496 . T C 16.87 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.62;ReadPosRankSum=-9.670e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:45,0,26
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chr20 6152995 . C T 175.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=29.31;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:204,18,0
chr20 6153368 . C T 79.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:107,9,0
chr20 6153527 . G A 107.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:135,12,0
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chr20 6158369 . T A 41.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:69,6,0
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chr20 6168745 . T C 118.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=13.20;ReadPosRankSum=-1.180e+00;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:71:147,0,71
chr20 6174349 . T C 32.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=16.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:60,6,0
chr20 6174679 . A G 28.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.80;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=1.414 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:44:57,0,44
chr20 6180748 . G T 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:81:81,0,110
chr20 6183233 . G T 101.81 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=20.36;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:20:130,0,20
chr20 6194417 . T C 80.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.524;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:109,0,186
chr20 6195948 . T C 73.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:101,9,0
chr20 6197939 . G A 29.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:51:58,0,51
chr20 6203309 . G A 89.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.47;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:78:118,0,78
chr20 6204977 . G T 36.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:65,0,26
chr20 6205085 . A T 26.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.83;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.46;ReadPosRankSum=1.28;SOR=0.307 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:55:55,0,92
chr20 6205426 . A G 11.12 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=1.85;ReadPosRankSum=-8.400e-02;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:39:39,0,123
chr20 6205841 . A G 75.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.01;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:82:104,0,82
chr20 6205875 . G GC 96.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.37;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=13.82;ReadPosRankSum=-1.006e+00;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97:134,0,97
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chr20 6206794 . G T 25.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:54,0,26
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chr20 6209410 . T C 32.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27:61,0,27
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chr20 6221780 . C CT 129.87 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:167,15,0
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chr20 6274541 . G T 36.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:65,0,26
chr20 6290590 . G A 78.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:106,9,0
chr20 6294710 . C A 111.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:139,12,0
chr20 6298154 . C A 24.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.50;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.13;ReadPosRankSum=-8.400e-02;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:53:53,0,115
chr20 6298700 . T G 64.89 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=16.22;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:2:91,2,0
chr20 6301783 . C T 150.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.52;ClippingRankSum=0.00;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=16.75;ReadPosRankSum=-5.310e-01;SOR=0.160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:65:179,0,65
chr20 6304348 . A G 17.84 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=2.97;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:46:46,0,84
chr20 6304718 . T TTGCTACTA 43.74 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29:81,0,29
chr20 6306009 . A C 23.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:52:52,0,90
chr20 6308945 . G T 28.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.674;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:54:57,0,54
chr20 6310364 . C T 22.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.70;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47:51,0,47
chr20 6311337 . A G 26.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.93;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28:55,0,28
chr20 6311358 . T C 16.83 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=8.42;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:44,6,0
chr20 6313431 . A C 40.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:68,6,0
chr20 6314238 . A G 35.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.95;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=2.788 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25:64,0,25
chr20 6314435 . A G 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:50:0|1:6314435_A_G:81,0,50
chr20 6314441 . C T 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,2:3:50:0|1:6314435_A_G:81,0,50
chr20 6314561 . A C 39.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:67,6,0
chr20 6317943 . C T 36.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.05;QD=18.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:64,6,0
chr20 6320940 . C G 68.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.46;QD=22.76;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:96,9,0
chr20 6323355 . A ATG 21.76 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.740e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:59:59,0,102
chr20 6323357 . A G 49.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.44;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:78:78,0,102
chr20 6326298 . T A 60.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.240e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.15;ReadPosRankSum=-1.036e+00;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56:89,0,56
chr20 6331282 . A G 41.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:69,6,0
chr20 6335529 . T A 32.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=2.225 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28:61,0,28
chr20 6335681 . G T 117.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=29.26;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:145,12,0
chr20 6337936 . G A 114.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.07;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=16.40;ReadPosRankSum=-3.660e-01;SOR=0.180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:40:143,0,40
chr20 6342010 . G A 27.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:56:56,0,56
chr20 6343551 . T G 56.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:84:85,0,84
chr20 6346789 . C T 32.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:56:61,0,56
chr20 6347053 . G A 153.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:182,18,0
chr20 6348446 . A G 76.96 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.39;ReadPosRankSum=1.28;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:5:5:104,5,0
chr20 6350729 . C T 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 6353580 . GA G 33.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.420e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:40:71,0,40
chr20 6354036 . G A 91.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.35;ReadPosRankSum=-5.240e-01;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,3:5:97:0|1:6354036_G_A:120,0,97
chr20 6354050 . C T 91.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.35;ReadPosRankSum=-1.260e-01;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:2,3:5:97:0|1:6354036_G_A:120,0,97
chr20 6354539 . T C 91.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.29;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:53:120,0,53
chr20 6355355 . G A 24.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:53:53,0,59
chr20 6355892 . A G 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 6357379 . G A 32.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24:61,0,24
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chr20 6389406 . T G 143.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=28.78;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:172,15,0
chr20 6393741 . T A 38.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0
chr20 6395810 . G C 25.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54:54,0,54
chr20 6395834 . G A 88.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.96;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:3,3:6:99:0|1:6395834_G_A:117,0,160
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chr20 6396646 . C T 90.88 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.28;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.18;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:16:119,0,16
chr20 6396687 . G A 52.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.55;ReadPosRankSum=-5.240e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49:81,0,49
chr20 6396982 . T G 57.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.45;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25:86,0,25
chr20 6397257 . T C 88.81 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.240e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=17.76;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.447 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:20:117,0,20
chr20 6398988 . T G 24.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:53:53,0,62
chr20 6399389 . C G 39.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:67,6,0
chr20 6399990 . A G 32.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24:61,0,24
chr20 6400001 . T C 27.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.38;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:49:56,0,49
chr20 6401157 . C G 92.98 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.28;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=18.60;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:13:121,0,13
chr20 6401308 . G C 32.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=5.46;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:61:61,0,82
chr20 6402656 . C G 58.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.70;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:21:87,0,21
chr20 6407421 . T C 22.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.60;ReadPosRankSum=-9.670e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:51,0,26
chr20 6411873 . A T 65.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=16.45;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24:94,0,24
chr20 6412175 . A G 47.10 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=11.77;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:11:75,11,0
chr20 6414005 . G A 84.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.420e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.800e-01;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:81:113,0,81
chr20 6418847 . T C 24.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:53:53,0,57
chr20 6419228 . C T 76.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:104,9,0
chr20 6421177 . G A 33.90 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=11.30;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:15:62,0,15
chr20 6421836 . G A 28.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:49:57,0,49
chr20 6421912 . A G 57.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.45;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25:86,0,25
chr20 6421994 . G T 42.90 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.73;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:15:71,0,15
chr20 6422784 . G A 30.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:56:59,0,56
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chr20 6423272 . T C 19.81 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=3.96;ReadPosRankSum=-1.645e+00;SOR=0.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:48:48,0,86
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chr20 6433009 . A C 176.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:205,18,0
chr20 6433294 . G C 27.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.26;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24:56,0,24
chr20 6433337 . A C 125.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:154,15,0
chr20 6434566 . T G 63.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:91,9,0
chr20 6435177 . T C 15.88 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.65;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:44:44,0,52
chr20 6435485 . T C 76.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:104,9,0
chr20 6435817 . A G 67.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:95,9,0
chr20 6436388 . G A 68.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:96,9,0
chr20 6437048 . C T 51.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.63;ReadPosRankSum=-1.282e+00;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:59:80,0,59
chr20 6438129 . A G 56.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:52:85,0,52
chr20 6438167 . T G 31.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:24:60,0,24
chr20 6438252 . G A 63.98 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:13:92,0,13
chr20 6438547 . A G 35.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.240e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.15;ReadPosRankSum=-2.530e-01;SOR=2.780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:55:64,0,55
chr20 6438731 . A G 28.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:51:57,0,51
chr20 6441923 . G C 51.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.35;ReadPosRankSum=-1.036e+00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54:80,0,54
chr20 6441959 . T C 107.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.180 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:45:136,0,45
chr20 6442011 . A G 130.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.120e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.53;ReadPosRankSum=-1.085e+00;SOR=0.160 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:43:159,0,43
chr20 6442301 . A C 27.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:56:56,0,57
chr20 6442838 . A C 17.85 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.46;ReadPosRankSum=-6.740e-01;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:25:46,0,25
chr20 6442939 . A G 40.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:68,6,0
chr20 6443649 . G T 115.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=28.76;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:143,12,0
chr20 6443791 . C T 186.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=31.14;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:215,18,0
chr20 6444037 . T C 50.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.282e+00;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:49:79,0,49
chr20 6444210 . C A 32.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57:61,0,57
chr20 6444511 . G A 32.88 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:16:61,0,16
chr20 6444984 . G T 86.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:114,12,0
chr20 6445320 . G A 63.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:22:92,0,22
chr20 6445490 . G A 28.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:57,0,26
chr20 6445625 . T TTTC 49.70 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:86,6,0
chr20 6446789 . G A 81.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:109,9,0
chr20 6446936 . T C 33.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=16.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:61,6,0
chr20 6447117 . G A 27.75 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=13.87;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:55,6,0
chr20 6447707 . A G 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 6449442 . C T 27.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:50:56,0,50
chr20 6449499 . A C 134.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:163,15,0
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chr20 6461866 . G C 131.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:160,15,0
chr20 6466221 . A T 176.84 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:205,18,0
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chr20 6468634 . A G 39.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:67,6,0
chr20 6469902 . G A 74.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:102,9,0
chr20 6471105 . T C 139.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=27.98;SOR=1.981 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:168,15,0
chr20 6471674 . G A 73.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:101,9,0
chr20 6473771 . G A 246.78 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=30.85;SOR=1.863 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:275,24,0
chr20 6474551 . C A 65.81 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=16.45;ReadPosRankSum=1.15;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:20:94,0,20
chr20 6476689 . C T 147.90 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=29.58;SOR=1.022 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:176,15,0
chr20 6476833 . G C 27.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:56,0,26
chr20 6477192 . G A 46.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.740e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=9.35;ReadPosRankSum=-5.240e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:55:75,0,55
chr20 6477538 . GA G 63.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.87;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:4:9:46,0,9
chr20 6479643 . C T 34.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=11.60;ReadPosRankSum=-4.310e-01;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:23:63,0,23
chr20 6479672 . A T 67.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.65;ClippingRankSum=0.00;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=13.55;ReadPosRankSum=-1.036e+00;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:51:96,0,51
chr20 6482370 . G A 38.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0
chr20 6482448 . T C 22.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=7.60;ReadPosRankSum=-9.670e-01;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28:51,0,28
chr20 6483334 . A G 18.59 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=18.59;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:0,1:1:3:1|1:6483334_A_G:45,3,0
chr20 6483355 . T G 64.78 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=16.20;ReadPosRankSum=1.15;SOR=0.916 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:1,3:4:24:0|1:6483334_A_G:93,0,24
chr20 6483976 . T C 13 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.670e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26:41,0,26
chr20 6484860 . A T 57.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.00;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:86:86,0,122
chr20 6484986 . C T 66.79 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.15;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=16.70;ReadPosRankSum=-3.190e-01;SOR=1.609 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:23:95,0,23
chr20 6485758 . T C 77.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:105,9,0
chr20 6486404 . G A 44.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=22.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:72,6,0
chr20 6486958 . G T 79.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:107,9,0
chr20 6487109 . G C 61.77 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282e+00;ClippingRankSum=0.00;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:52:90,0,52
chr20 6487197 . A G 42.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:70,6,0
chr20 6487724 . A G 38.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0
chr20 6489447 . G A 26.80 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.38;ClippingRankSum=0.00;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.303 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:22:55,0,22
chr20 6491199 . G C 38.74 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:66,6,0
chr20 6491391 . C T 51.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=2.833 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:79,9,0
chr20 6492271 . A G 72.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:100,9,0
chr20 6492449 . C T 73.28 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:101,9,0
chr20 6493257 . TAGGTGAAATTTTCTTTTCTGTTTTTTTAA T 43.73 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.310e-01;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:42:81,0,42
chr20 6494587 . G T 35.31 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.00;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.00;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.223 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:1:61,0,1