01_uvod_do_R_1.qmd

# R & RStudio

::: callout-warning
## Cíle cvičení
  - Naučit se založit projekt
  - Rozeznat Základní soubory projektu a prostředí
  - Projekt či součást projektu uložit a otevřít
  - Orientovat se v hlavním okně
  - Přepínat mezi výpočtem v konzoli a skriptu
:::

R je *volně dostupné programové prostředí pro statistické výpořty a grafiku*. Interpretr jazyka se základní funkcionalitou lze stáhnout ze stránek [https://www.r-project.org](https://www.r-project.org).

RStudio (dnes také společnost Posit Inc.) je integrované vývojové prostředí (IDE), specializované pro práci s jazykem R. Obsahuje řadu užitečných nástrojů usnadňujících organizaci, tvorbu reportů, práci s SQL databázemi, vývojem funkčních balíčků a mnoho dalšího.

## Hlavní okna a panely

![Obr. 1: Základní layout prostředí RStudio.](images/main.png){#fig-zakladniRstudio}

V základním zobrazení @fig-zakladniRstudio bychom měli v levé části vidět panel **Console**. 
S konzolí nebudeme pracovat příliš intenzivně, slouží zejména k zadávání jednoduchých příkazů,
například vyhodnocení proměnné. Pravou část vidíme rozdělenu na dolní a horní polovinu.
V té horní jsou důležité panely **Environment** kde se nachází všechny objekty a
vlastní funkce, které jsme vytvořili v rámci *session*. Dále 
Výchozí rozvržení je možné měnit ***Tools*** > ***Global options...*** > ***Pane layout***.

::: callout-tip
## Úloha
  1. Provedeme jedno užitečné nastavení duhových závorek
  
  ![Obr. 2: Nastavení duhových závorek a dalších vlastností v okně ***Global Options...*** ](images/rainbow-parentheses.png){fig-align="center" width="510"}
:::

## Zakládáme projekt

Je vhodné seskupovat svoji práci do zv. projektů - ucelených souborů skriptů, dat a výstupů - podle jednotlivých projektů, kterým se věnuji.

1.  Při spuštěném programu z hlavní nabídky vybereme ***File** \> **New Project...***

    ![Obr. 2 - Volba typu založení projektu](images/new_project.png){width="451"}

2.  Vybereme ***New Directory*** a zvolíme ***New Project***. Ostatní možnosti v tomto kurzu využívate nebudeme.

    ![Obr. 3 - Volba typu projektu](images/new_directory.png){width="459"}

3.  Projektu je dále nutné zadat název ***Directory name***. Pokud používate verzovací systém Git, můžete zaškrtnout volbu ***Create a git repository***. V tomto kurzu používat nebudeme.

    ![Obr. 3 - Volba umístění a názvu projektu](images/new_project_name.png){width="457"}

4.  Po úspěšném založení projektu by se mělo zobrazit hlavní okno programu s přednastvenými panely. V nastavení učeben ČZU odpovídá rozvržení 1. obrázku.

::: callout-tip
## Úloha
  
  2. Vytvořte projekt s názvem "MVVD_cv1".
:::


## Pracovní postup a jeho opakovatelnost

K systematické práci a analýze zejména v exaktních vědách patří dodržování jistých pracovních zásad, které umožňují jednak objektivní kontrolu výsledků a jednak jejich opětovného získání. Níže je uvedeno pár zásad, jejichž dodržování vede k celkové duševní pohodě a rovnováze jak vaší vlastní, tak kolegů.

- Při psaní kódu se řiďte unifikovaným schématem jmenných konvencí, odsazování a vkládání mezer, a komentování. 
  Jedno takové má například [Hadley Wickham](http://adv-r.had.co.nz/Style.html), 
  či [Google](https://google.github.io/styleguide/Rguide.html).\
- Každé cvičení začněte ideálně tvorbou nového projektu v oddělené složce, nebo alespoň nového skriptu.\
- Při zavírání RStudio neukládejte pracovní prostředí do souboru "\*.RData". Uloží se do něj vše co máte právě v **Environment**, což nemusí nutně pocházet z pracovního postupu uchovaného ve skriptech (byť při dodržování jiných zásad z tohoto sezamu by tomu tak být nemělo).
- R bohužel umožnuje *připínat* a *odepínat* `data.frame` pomocí funkcí `attach()` a 
`detach()`, na které je vhodné ihned po přečtení této věty zapomenout. 

```{r}
?ls
rm(list = ls())
?objects
```

```{r}
l <- list(A = 1:3, B = 3:5)
attach(l)
A
```

- *dtto* funkce `fix()`, která umožňuje manipulovat s daty formou GUI tabulkového procesoru.      
- Naučte se používat `::` značící jmenný prostor, ze kterého funkce pochází. 
  Například  `filter()` je funkce definována ve více jmenných prostorech často
  používaných balíčků.
- Oddělujte vzájemně surová data, zpracovaná data, skripty analýz a výstupy. 
  Souborová struktura projektu může vypadat například takto:
    
  ```
  ~/mzp_analyza/
   ├── data/
   |   ├── raw_data/ 
   |   └── zpracovana_data/ 
   ├── skripty/
   |   └── 01_load.R
   ├── vystupy/
   |  └── 01_liniovy_graf_m_denni_vody.pdf
   └── mzp_analyza.RProj
  ```